Déclaré parc National en 1971, le spectaculaire archipel est doté d’un écosystème naturel unique du fait de son isolement : forêt, savane, lacs, étangs et marais. Il sauvegarde une faune et une flore diversifiée.
Les limites du parc ont été étendues en 2002 et comprennent à présent toutes les iles et une superficie totale de 1.400km2.
Une centaine d’élusifs dugongs, ces rares mammifères marins, y ont élu résidence ainsi que de nombreuses tortues. Une petite colonie de crocodiles du Nil est également présente.
L’île de Benguerra, située à 1 kilomètre au sud de Bazaruto mesure une douzaine de kilomètres. Egalement couverte de hautes dunes, de lacs intérieurs et de plages splendides. Ecureuils, singes et 164 espèces d’oiseaux vivent dans de petites forêts indigènes. Le Two mile Reef, mondialement renommé pour la plongée (Récif de deux miles) se trouve à deux kilomètres à l’est de Benguerra.