Les recherches archéologiques menées à Hoi An au fil du temps ont permis de remonter 2000 ans d'histoire pour découvrir que la ville était alors le port le plus important du peuple Sa Huỳnh. A cette époque, les Sa Huỳnh procédaient à des échanges économiques avec d'autres peuples, principalement les chinois de la dynastie des Hán.
Du 2e au 15e siècle, la ville appartient au royaume Champa et prospère en tant que port commercial. C'est elle qui, par son importance, contribua fortement à la prospérité de Mỹ Sơn et Trà Kiệu. Au 16e siècle, la ville continue de se développer à toute allure et attire de plus en plus de bateaux commerciaux venus de l'Inde, de la Chine, de la Thaïlande, de l'Angleterre, de la France, de la Hollande et du Japon. La rivière qui sépare encore aujourd'hui la ville en deux ne laissait alors plus apparaître qu'un amas de bateaux commerciaux.
Selon les reliques trouvées par les chercheurs, Hoi An regorgeait à l'époque de tant de produits en tout genre qu'aucun bateau à voile ne repartait qu'à moitié plein. A cette époque, Hoi An est le port international le plus développé de toute l'Asie du Sud-Est.
C'est vers la fin du 19e siècle que le port de Hoi An commence à décliner au profit de la grande ville voisine de Danang. Grande miraculée des guerres du Vietnam, la ville est inscrite au patrimoine de l'humanité par l'UNESCO en 1999.