L’Eglise Sainte-Marie constitue un très beau monument. On y accède par des escaliers précédé d’un corridor où se trouvent des mosaïques retraçant des scènes bibliques. Cette église est surnommée l’Eglise Suspendue car elle est construite au-dessus des troncs de palmiers qui la soutiennent comme des pilotis. Ces troncs datent du IVème siècle et soutiennent encore aujourd’hui l’église.
L’intérieur - évidemment splendide - présente une épaisse chaire de marbre, soutenue par 13 piliers, représentant Jésus et ses douze apôtres. Une des colonnes est noire : elle représente Judas, qui a trahi Jésus. L’Eglise abrite une fresque chrétienne peinte dans une voûte très précieuse, car elle date du IVème siècle et est en bon état, sans jamais avoir été restaurée.
Dans la salle principale, une icône Copte, figure la Vierge Marie avec Jésus dans les bras. On a l’impression qu’elle nous suit de son regard lorsqu’on la contourne. Les Coptes l’appellent la Joconde Egyptienne, quoique la ressemblance soit assez lointaine.